원칙적으로는 한 번만 배양할 수 있어요. 쌀뜨물 발효 등 EM의 확대배양에 있어서는 EM을 구성하는 미생물의 분열 속도가 각각 다릅니다. 따라서 배양을 반복하면 각각의 미생물의 균형이 깨져 EM의 특성인 미생물의 복합적 효과가 발휘될 수 없으며 EM으로서의 기본 성질이 달라지게 되죠.