EM은 미생물이므로 약재에 의한 살균작용의 영향을 받으면 그 활성이나 효과가 저하되므로 겸용은 피하는 것이 좋아요. 겸용하는 경우라도 약재 사용량을 줄이거나 사용시기를 달리하여야 합니다. EM의 효과가 나타나기 시작함과 동시에 약재의 사용을 줄일 수 있어요.