EM비누는 물 대신 쌀뜨물 발효액으로 만들기에 수산화나트륨(가성소다, NaOH)을 녹일 때 발생하는 고온의 열로 극고온과 극저온에서도 생존하는 미생물은 건재하지만 열에 약한 미생물들은 죽지요. 하지만 발효과정에서 만들어지는 항산화물질(폴리페놀, 유비퀴논 등)은 여전히 완성된 비누에 남아 있어 제 기능을 그대로 발휘하지요.